Question

在R中的脚本上导入原始计数这些必要的软件包

library(optparse) 
library(DESeq2)

然后继续执行以下步骤：

获得文件名
加载控制表
已加载实验表
表已合并
删除了多余的内容以避免重复

尝试导入原始计数时会引发以下错误：

match.names（clabs，names（xi））中的错误：
名称不匹配先前的名称：通话：rbind ... eval-> eval-> eval-> rbind-> rbind -> match.names另外：警告消息：强制引入的NAs

失败的代码段是这样的：

# importing the raw counts
if (is.null(opt$raw_counts) == FALSE) {
  raw_counts_table <- read.table(counts_file, header=FALSE, sep = "\t", quote = "")
  raw_counts_table <- data.frame(raw_counts_table, 
        do.call(rbind, strsplit(as.character(raw_counts_table$V1),'_')))
  raw_counts_table$X2 <- as.numeric(as.character(raw_counts_table$X2))
  raw_counts_table <- t(raw_counts_table[,c("X2", "V2")])
  row.names(raw_counts_table) <- c("SAMPLE","RAW TOTAL")
  colnames(raw_counts_table) <- raw_counts_table[1,]
  raw_counts_table <- as.data.frame(raw_counts_table)
  raw_counts_table <- raw_counts_table[-1,]

  # Need to subtract off the total number of annotations
  raw_counts_table["ANNOTATION COUNT",] <- colSums(complete_table)
  raw_counts_table["OTHER",] <- raw_counts_table[1,] - raw_counts_table[2,]

  complete_table <- rbind(complete_table, raw_counts_table["OTHER",])
}

似乎变量名已更改？

为了继续操作，我不得不在上一步脚本中更改实际文件名（添加前缀），但是现在当我将文件名更改回原始文件时，似乎发现文件之间不匹配？

我已阅读其他帖子

链接提到当两个数据框名称不同时会引发错误。我怎么知道不匹配的确切位置？

谢谢！

rbind：match.names（clabs，names（xi））中的错误

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