Question

我试图使用R中的biomod2包来拟合一些物种分布模型。

我编译了所有必需的数据，以便biomod2成功地使用除MaxEnt之外的所有技术的模型，这会引发错误：

Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning messages:
1: running command 'java -mx512m -jar C:/Users/ajb273/inSync Share/PhD/Data/SDMs R/maxent.jar environmentallayers="Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/m_38411293/Back_swd.csv" samplesfile="Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/m_38411293/Sp_swd.csv" projectionlayers="Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/m_38411293/Predictions/Pred_swd.csv" outputdirectory="Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/Bushcrow_PA1_RUN10_MAXENT_outputs" outputformat=logistic  redoifexists visible=FALSE linear=TRUE quadratic=TRUE product=TRUE threshold=TRUE hinge=TRUE lq2lqptthreshold=80 l2lqthreshold=10 hingethreshold=15 beta_threshold=-1 beta_categorical=-1 beta_lqp=-1 beta_hinge=-1 defaultprevalence=0.5 autorun nowarnings notooltips noaddsamplestobackground' had status 1 
2: In file(file, "rt") :
   cannot open file 'Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/Bushcrow_PA1_RUN10_MAXENT_outputs/Bushcrow_PA1_RUN10_Pred_swd.csv': No such file or directory

我认为这可能是因为biomod2没有设法找到MaxEnt或Java，但我加载了rJava包，并尝试在dismo中运行MaxEnt包，在同一个R会话中，运行正常。

有没有人知道可能会发生什么？

谢谢，安德鲁

Answer 1

为了让任何有兴趣的用户知道，我终于解决了这个问题。 MaxEnt中的biomod2似乎不会接受maxent.jar文件的文件路径中的空格，至少在某些时候。我将文件移动到一个没有空格的不同目录，现在它已经运行了。

从＆＃39; biomod2＆＃39;内部运行MaxEnt时出错在R

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