Question

我正在尝试建立一系列（理论上）简单的计划对比。

我发现this post很有帮助，并使用自己的数据遵循了“计划的对比度”部分中的示例代码（请注意，我使用的是Anova（）而不是summary.aov（），因为我不平衡设计并正在使用II型SS）：

# Running initial ANOVA

> PC<-lm(BATTSP~masterGroupG,data=Dat)
> Anova(PC)
Anova Table (Type II tests)

Response: BATTSP
              Sum Sq Df F value   Pr(>F)   
masterGroupG 0.88833  3  5.0597 0.004497 **
Residuals    2.39947 41                    
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

# Looking at levels

> levels(Dat$masterGroupG)
[1] "F juv mid"       "F juv late"      "F ad late/post"  "M juv late/post"

# Creating vectors for R to compare

> c1<-c(0,1,-1,0) # F juv late v. F ad late/post
> c2<-c(0,1,0,-1) # F juv late v. M juv late/post

# Creating matrix

> matrix<-cbind(c1,c2)

# Matrix has contrasts I want

> contrasts(Dat$masterGroupG)<-matrix

# Running ANOVA with my new contrasts

> PCcontrasts<-lm(BATTSP~masterGroupG,data=Dat)
> Anova(PCcontrasts,split=list(masterGroupG=list("F juv late vs. F ad 
late"=1, "F juv late vs. M juv late"=2)))
Anova Table (Type II tests)

Response: BATTSP
              Sum Sq Df F value   Pr(>F)   
masterGroupG 0.88833  3  5.0597 0.004497 **
Residuals    2.39947 41                    
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

我的问题：在最后一行中使用Anova（）时，我的输出未分成我尝试用'split'指定的列表。[我引用here的帖子中提到了一个潜在的问题不使用summary.aov（）]。

我的主要问题：是否有一种简单的方法可以为单向II型Anova（或III型）而不是I型设置对比度？

如何为R中的II型ANOVA建立计划的对比？

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