用于自定义纯素食图的r编码

Question

我正在尝试用纯素制作NMDS图，但确实在代码方面苦苦挣扎。我试图以不同的方式显示站点点和物种点，并根据处理对站点点进行着色。这两行单独工作，但是我无法弄清楚如何将这两行代码合并为一行以形成一个图形。我正在使用ordipointlabel来防止重叠。这是我想合并为两行的代码。

ordipointlabel(NMDS10, scaling=2, display="species", select=sel) 
ordipointlabel(NMDS10,display="sites", col=c(rep("darkgreen",4),rep("blue4",4)),cex=0.75)

Answer 1

您可以直接访问ordinpointlabel对象，并使它看起来像您想要的那样。请查看示例：

library(vegan)
data(dune)

NMDS10 <- metaMDS(dune[1:8, ])

pdf(file = NULL)
y <- ordipointlabel(NMDS10, display=c("sites", "species"))
dev.off()

# select  sites & species
sel <- unlist(dimnames(dune[1:8, ]))[-(20:ncol(dune))]

# messing with ordipointlabel object
y$points <- y$points[rownames(y$points) %in% sel, ]
y$args$pcol[] = rep("red", length(y$args$pcol))
y$args$pcol[1:8] <- c(rep("darkgreen", 4), rep("blue4", 4))
y$par$cex <- 0.75

plot(y)