我使用纯素包来绘制R中的NMDS,分析社区的相似性。 这是基于社区矩阵,包括不同的治疗方法:
NMDS=metaMDS(community_matrix,k=2,trymax=100)
plot(NMDS)
有人能告诉我如何绘制箭头以显示个体物种对治疗的反应吗?
答案 0 :(得分:3)
我们在CA中添加物种,作为样本分数的加权平均值,可能会扩大。
您可以通过使用envfit()
将物种向量投影到空间中来添加物种向量,方法是将NMDS对象和物种数据community_matrix
传递给它。如果你有很多物种,我可能会放弃这些排列,除非你真的需要这样的重要性。