在R vegan包中的NMDS图中包括箭头

Question

我使用纯素包来绘制R中的NMDS，分析社区的相似性。 这是基于社区矩阵，包括不同的治疗方法：

NMDS=metaMDS(community_matrix,k=2,trymax=100)
plot(NMDS)

有人能告诉我如何绘制箭头以显示个体物种对治疗的反应吗？

Answer 1

在这样的情节中，箭头将是错误的解释;没有任何理由可以假设在最佳保留等级不同样本的图中，物种在该空间内线性响应。

我们在CA中添加物种，作为样本分数的加权平均值，可能会扩大。

您可以通过使用envfit()将物种向量投影到空间中来添加物种向量，方法是将NMDS对象和物种数据community_matrix传递给它。如果你有很多物种，我可能会放弃这些排列，除非你真的需要这样的重要性。