在R vegan包中的NMDS图中包括箭头

时间:2013-05-24 10:32:28

标签: r vegan

我使用纯素包来绘制R中的NMDS,分析社区的相似性。 这是基于社区矩阵,包括不同的治疗方法:

NMDS=metaMDS(community_matrix,k=2,trymax=100)
plot(NMDS)

有人能告诉我如何绘制箭头以显示个体物种对治疗的反应吗?

1 个答案:

答案 0 :(得分:3)

在这样的情节中,箭头将是错误的解释;没有任何理由可以假设在最佳保留等级不同样本的图中,物种在该空间内线性响应。

我们在CA中添加物种,作为样本分数的加权平均值,可能会扩大。

您可以通过使用envfit()将物种向量投影到空间中来添加物种向量,方法是将NMDS对象和物种数据community_matrix传递给它。如果你有很多物种,我可能会放弃这些排列,除非你真的需要这样的重要性。