用矢量编码为质心的排序图

时间:2018-05-28 16:36:46

标签: r vegan

在纯素包中,我尝试用物种作为对象和环境变量作为载体制作排序图。然而,环境变量被视为质心而不是因子。奇怪的是,每个数据帧单元都被视为环境因素,因此我认为数据帧的结构不正确。当我在没有环境变量的情况下绘制排序时,我不会遇到任何问题。

summary(gutter.dca)


environfit = envfit(gutter.dca,gutterenv)

> head(environfit)

    $vectors
    NULL

    $factors
    Centroids:
                                   DCA1    DCA2
    vocht0,246435845            -0.2185 -1.0601
    vocht0,249249249             0.1932 -1.1339
    vocht0,251497006             0.0331 -2.0888
    vocht0,264735265            -0.3353 -1.3403
    vocht0,26911315             -0.0017 -0.9498
    vocht0,272369715            -1.0733  0.0021

物种数据框

head(gutter)

     Acer.campestre Acer.pseudoplantanus Adoxa.moschatellina Aegopodium.podagraria Ajuga.reptans
Q1-1              0                    0                   5                     0             0
Q1-2              0                   70                  15                    20             0
Q1-3              0                   15                   0                     0             0
Q1-4              0                    3                   0                     0             0
Q2-1              0                    3                   0                     0             0
Q2-2              1                    0                   0                     0             0

环境变量数据框

head(gutterenv)

        vocht Ph.H2O ph.KCl mg.NO3.kg.soil mg.NH4.N.kg.soil litter.depth..cm.
1  0,26911315   7,41  6,686    2,811031105      4,674304351               7,5
2 0,246435845  7,225  6,349    2,567981088      6,735395066               6,5
3 0,264735265  7,001  6,491    2,336821354      8,400116244               5,1
4 0,325123153  6,732  5,444    2,518858082      7,684506342              8,25
5    0,446875   6,87   7,45    2,443686352      9,886923756                 4
6 0,548476454    8,1   7,05    3,144954614       11,3179919                 3

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