nlmer错误：initializePtr（）出错：下降的VtV不是肯定的

Question

我已经针对多个Biomass重复测量森林Age中的林Plots的度量数据：

换句话说：Biomass ~ Age | Plot

#Reproducible Example data:

biom.dat <- c(unlist(lapply(1:7, function(x){ set.seed(x) ; sort(sample(2:500,15))})),
  unlist(lapply(8:15, function(x){ set.seed(x) ;  c(sort(sample(2:500,12)),(sample(90:500,3)))})))
dat <- data.frame(Plot = rep(1:5,each = 15), Age = rep(c((1:75)[(1:5)%%5 == 0])+8,5), Biomass = biom.dat)

> head(dat)
  Plot Age Biomass
1    1  13      32
2    1  18      88
3    1  23     101
4    1  28     102
5    1  33     134
6    1  38     187

我尝试使用nlmer检查此数据中的非线性趋势。我使用nlmer，因此我将Plot结构作为随机效果加入。

我试图运行使用此自定义函数的here模型的扩展名：

我在R中编码为：

function(Age,C,Ao,s,wd,ph) C + Ao * exp(-s*Age) * cos(wd*Age + ph)

但是，当我运行nlmer代码（见下文）时，我收到以下错误：

Error in initializePtr() : Downdated VtV is not positive definite

This discussion向我建议我可能会出现缩放问题？ （暗示here）。

所以我尝试缩放变量（第一个只是Age预测变量，然后是Biomass响应。即使在缩放了两个变量之后，我仍然会得到相同的错误......

问题：

1. 还有什么可能出错？ （我还应该检查什么？）

2. 我从哪里开始？

我的代码：

更新：根据已删除的@ 42条评论，我调整了代码（最初受here启发）以更接近地匹配nlmer {的代码{3}}（示例＃3）：[Note: the errors still occur]

  #Create equation:
    LTI.eqn <- ~ C + Ao * exp(-s*Age) * cos(wd * Age + ph)

  #Build function (incorporating a "gradient" attribute in the formula using deriv():
    LTI.func <- deriv(LTI.eqn, namevec = c('C', 'Ao', 's', 'wd', 'ph'),
                  function.arg = c('Age', 'C', 'Ao', 's', 'wd', 'ph'))

  #Load package:  
    library(lme4)

  #Create named vector of starting values for my constants:
    nlmer.start <- c(C = 0,Ao = -1,s = 1,wd = 1,ph = 0)

  #Run model:
    nlmer(Biomass ~ LTI.func(Age, C, Ao, s, wd, ph) ~ (Age | Plot), 
          data = dat, start=nlmer.start)

     #Error in initializePtr() : Downdated VtV is not positive definite

  #So let's rescale the continuous predictor variables (in this case we'll center Age):
    nlmer(Biomass ~ LTI.func(Age, C, Ao, s, wd, ph) ~ (Age | Plot), 
          data = transform(dat,Age = Age - 51), start = nlmer.start)

     #Error in initializePtr() : Downdated VtV is not positive definite

  #Still a problem. What if I scale Biomass, too???
    datt <- transform(dat,Age = (Age - 51), Biomass = scale(Biomass, center = F))
    nlmer(Biomass ~ LTI.func(Age, C, Ao, s, wd, ph) ~ (Age | Plot),
          data = datt, start = nlmer.start)

     #Error in initializePtr() : Downdated VtV is not positive definite