Question

简短说明

我遇到一个问题，即在Windows机器上编写了hdf5文件，无法在Linux机器上打开。错误消息是＆＃34; OSError：无法打开文件（错误的超级块版本号）＆＃34;。（因此，这个问题可能与h5py根本无关，而是在python文件中打开一般的linux / windows兼容性问题。）

详细说明

在Windows和Linux上都使用了包含以下软件包的python虚拟环境：

瓶-0.12.2
合剂的RESTful-0.3.6
Jinja2-2.10
MarkupSafe-1.0
WERKZEUG-0.14.1
aniso8601-3.0.0
点击6.7
h5py-2.7.1
h5py缓存-1.0
itsdangerous-0.24
锁文件-0.12.2
numpy的-1.14.0
pytz-2018.3
六1.11.0

在Windows上，可以毫无问题地打开和读取文件，但在Linux上它无法引发OSError。只需启动一个新的python会话并输入以下内容即可：

导入h5py

f1 = h5py.File（＆＃34; myfile.hdf5＆＃34;，＆＃34; r＆＃34;）

完整错误：

追踪（最近一次呼叫最后一次）：

文件＆＃34; stdin＆＃34;，第1行，在模块
中
文件＆＃34; /usr/local/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/files.py" ;,第312行，在_ _ init_ _
fid = make_fid(name, mode, userblock_size, fapl, swmr=swmr)
文件＆＃34; /usr/local/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/files.py"，第142行，在make_fid中
fid = h5f.open(name, flags, fapl=fapl)
文件＆＃34; h5py / _objects.pyx＆＃34;，第54行，在h5py._objects.with_phil.wrapper

文件＆＃34; h5py / _objects.pyx＆＃34;，第55行，在h5py._objects.with_phil.wrapper

文件＆＃34; h5py / h5f.pyx＆＃34;，第78行，在h5py.h5f.open

OSError：无法打开文件（错误的超级块版本号）

HDF5文件使用Java HDF5库从我无法修改的程序中编写，在SWMR（单写，多读取器）模式下使用hdf5 java 1.10.0。

程序可能无法正确关闭文件，然后再将其发送到我的程序，这是一个轻量级的Linux应用程序。

在http://web.mit.edu/fwtools_v3.1.0/www/H5.format.html中，＆＃34;超级块的版本号＆＃34;描述如下......

该值用于确定超级块中信息的格式。当超级块中的信息格式发生变化时，版本号会增加到下一个整数，并可用于确定超级块中信息的格式化。

为此字段定义了0和1的值。

此字段存在于超级块的版本0+中。

...这并不能帮助我理解错误的超级版本号错误可能是什么。

这是我尝试打开的示例文件： https://drive.google.com/open?id=10hpbWj4HBwIMq0X6Rq7yVzJATOiYHJcc

为什么要提出一个stackoverflow问题？

此问题可能会影响在Linux计算机上要读取在Windows计算机上生成的hdf5文件且未正确关闭/格式化/等的所有人。我想知道为什么会发生这种情况的原因以及如何在Linux上解决这个问题。如果唯一的解决方案是＆＃34;它需要由生成HDF5文件的Windows程序修复，因为之后无法修复＆＃34;，那么这也是一个可接受的答案。那是这样的吗？

采取的行动

升级到h5py到2.8.0rc1并不能解决问题
可以按预期打开其他HDF5文件

相关主题

我出于可能的原因查看了以下主题和网站，但空手而归：

1）https://support.hdfgroup.org/HDF5/faq/bkfwd-compat.html

2）h5py OSError: Unable to open file (File signature not found)

3）HDF5 file created with h5py can't be opened by h5py

4）https://github.com/h5py/h5py/issues/757

5）http://web.mit.edu/fwtools_v3.1.0/www/H5.format.html

修改1：

感谢@Tom de Geus，我在Linux和Windows上尝试了HDF View，发现无法在Linux HDF View上打开示例文件，但可以使用Windows HDF View打开它。这表明问题出在文件和HDF中，而不是h5py。

Answer 1

感谢Pierre de Buyl确认该文件确实可以在Linux上使用正确的HDF版本1.10.0打开。在Windows上，事实证明我运行的是HDF 1.10.1（通过h5py安装），但在Linux上，默认安装的h5py给了我1.8.18。在使用cmake从源代码构建HDF之后，我也可以在Linux上打开该文件，版本为1.10.0或更高版本。

使用cmake安装HDF 1.10.0的指南： https://support.hdfgroup.org/HDF5/release/cmakebuild.html

错误消息＆＃34; OSError：无法打开文件（错误的超级块版本号）＆＃34;令人困惑，但似乎表明HDF（1.8.18）的旧版本没有配置为识别由HDF版本1.10.0编写的新超级版本号。

感谢您的帮助Tom de Geus和Pierre de Buyl：）

python h5py文件读取＆＃34; OSError：无法打开文件（错误的超级块版本号）＆＃34;

1 个答案: