Question

我有来自Illumina Hiseq的单次读取fastq，我想使用biopython（或其他）生成反向。我只能找到有关如何使用reverse_complement（dna）获得反向补码的信息，但我不知道如何只得到相反的结果。

谢谢！

Answer 1

单行使用 rev 和 tr 来转换输入的第2行（和第4行）。

gunzip -c in.fq.gz | while read L; do echo $L && read L && echo $L | rev  |  tr "ATGCN" "TACGN" && read L && echo $L && read L && echo $L | rev ;done

Answer 2

这只是打印出序列的反向。如果您需要fastq文件中的质量信息，您还需要反过来！

from Bio import SeqIO

with open('sample.fastq') as handle:
    for record in SeqIO.parse(handle, 'fastq'):
        sequence = str(record.seq)
        reverse_sequence = sequence[::-1]
        print(reverse_sequence)

如何使用biopython或其他工具反转fastq文件？

2 个答案: