使用fastq-dump转换一堆或SRA文件

Question

我最近下载了一堆sra文件。我喜欢将它们转换为fastq配对读取。它的工作原理是：

./fastq-dump --split-files /Users/medsmit/ncbi/public/sra/SRR3501908.sra

但我需要一种方法将它们全部转换。

我正在尝试这个

for i in  `ls /Users/medsmit/ncbi/public/sra/*.sra' ; do ./fastq-dump -- split-files $f; done

但是肯定做了一些愚蠢的错误，因为它不起作用。谁能帮帮我吗？谢谢， Suparna

Answer 1

可能只是将$ f换成$ i ...错字：

for i in /Users/medsmit/ncbi/public/sra/*.sra
do
    ./fastq-dump -- split-files $i
done