如何将多个.sra文档更改为一个fastq文档？

Question

我从NCBI下载了一系列属于一个样本的.sra。我试图将一个sra改为fastq，但这是错误的。

我的代码：     $fastq-dump I --split-files ERRXXXXX.sra.

我的.sra文档已配对。

我使用$fastq-dump SRR5XXXXX.sra来更改另一个进程，但效果很好。

因此，我想知道如何将多个.sra合并为一个.fastq文档？谢谢你的好意。

Answer 1

我并不是真的理解整个信息，但关于你的具体问题＆＃34;如何将许多.sra编成一个.fastq文件＆＃34;，答案很简单：

• 以通常的方式从您感兴趣的所有sra文件生成多个fastq文件。
• 将所有这些fastq文件连接在一起：cat fastq1.fq fastq2.fq ... fastqN.fq＆gt; new_fastq.fq
• 如果不再需要，删除中间文件

new_fastq.fq文件包含原始sra文件中的所有信息。

注意并且不要在同一个fastq中混合第一和第二端（当然，除非你知道你在做什么）。