Question

我有一个管道，在makefile的帮助下为我运行一些数据。这个管道创建了大量我想要清理的冗余文件。

我有1个makefile来运行管道。管道本身与许多其他makefile相连。所以我将此代码添加到管道chipcap.mk文件：

.PHONY cleanintermediate    
cleanintermediate: $(CHIPCAP_OUTPUT)
        rm -rf $(SAMPLE)clipsync.trimsync.fastq
        rm -rf $(SAMPLE)clipsync.fastq
        rm -rf $(SAMPLE)clip.fastq
        rm -rf $(SAMPLE).fastq
        rm -rf $(SAMPLE).wig && $(RM) -rf $(SAMPLE).wig.idx
        rm -rf $(SAMPLE).sam

现在我像这样make -f run_samples.mk运行我的文件此脚本将调用管道并开始单独运行run_samples.mk为管道提供的命令：

all: pool1_negCTRL pool1R2R1 pool1SP1 pool2Posctrl pool2R2R2 pool2Input

getCommand = $(MAKE) -f /data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/analysis/pipelines/chipcap/chipcap.mk \
        IN_DIR=/data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/input/$(1) \
        OUT_DIR=/data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/analysis/runs/$(2) \
        CHIPCAP_VER=0.1.2 \
        FASTQ_EXT=fastq \
        CHIPCAP_INPUT=$(3) \
        CHIPCAP_QC_MODE=cliptrim \
        GZIP_EXT=gz \
        MACS14_EXE=/home/sajvanderzeeuw/.virtualenvs/ronald/bin/macs \
        PYTHON_EXE=/home/sajvanderzeeuw/.virtualenvs/ronald/bin/python2.7 \
        OPT_MACS14_mfold=$(4),$(5)
        #OPT_MACS14_control=control.bam

#Negative control sample
pool1_negCTRL:
        $(call getCommand,pool1,pool1_negCTRL_monday_test,pool1-negCTRL_S1_L001_R1_001.fastq.gz,15,30)

我怎么说run_samples.mk也应该执行cleanintermediate（在chipcap.mk中）。我一直很困惑，但无法找到正确的方法。

Answer 1

cleanintermediate: $(CHIPCAP_OUTPUT)

chipcap.mk中的

应该变成cleanintermediate: all

在runchipcap.mk中，将cleanintermediate添加到getCommand

getCommand = $(MAKE) -f /data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/analysis/pipelines/chipcap/chipcap.mk \
        IN_DIR=/data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/input/$(1) \
        OUT_DIR=/data/DIV5/SASC/project-064-ronald-svdz/analysis/runs/$(2) \
        CHIPCAP_VER=0.1.2 \
        FASTQ_EXT=fastq \
        CHIPCAP_INPUT=$(3) \
        CHIPCAP_QC_MODE=cliptrim \
        GZIP_EXT=gz \
        MACS14_EXE=/home/sajvanderzeeuw/.virtualenvs/ronald/bin/macs \
        PYTHON_EXE=/home/sajvanderzeeuw/.virtualenvs/ronald/bin/python2.7 \
        OPT_MACS14_mfold=$(4),$(5) cleanintermediate
        #OPT_MACS14_control=control.bam

清理冗余文件

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