Nanopore工具旨在分析fastq文件格式？

Question

我刚收到我的第一个纳米孔数据集，并发送了一个fastq文件。我期待一个fast5文件，现在我不知道如何开始过滤数据。我遇到的大多数工具（NanoOK，poretools）都处理fast5格式，虽然它们都提供了从fast5转换为fastq的方法，但它们的工具只需要fast5输入。

当我尝试使用fastq_quality_filter时，我得到一个堆栈粉碎错误......

Answer 1

纳米孔数据分析的第一步通常是从fast5转换为fastq，因此它们实际上为您节省了工作。可以使用fastq在poretools，Porechop或poRe等软件中进行进一步分析。 fastq_quality_filter中的错误可能还有其他原因。