snakemake同时使用--keep-going和--stats

Question

如果作业失败，--keep-going标志告诉snakemake继续独立工作。
--stats /path_to_the_runtime_statistics_file选项生成管道末端所有规则的运行时统计信息。

但是，如果作业失败，则管道根本不会生成运行时统计信息文件。
即如果您有100个作业且只有其中一个失败，则不会生成有关99个成功作业的运行时统计信息。
如何获得作业的运行时统计信息成功？
提前致谢。

Answer 1

如果您看到有关如何将--stats称为execute function implementation的snake make API文档。您将了解，该实现调用snakemake.stats module implemtation 出现if success:的情况！ 因此，您的问题的直接答案是不，您不能这样做！

前进的两种方式：

1. 快速简单的解决方案使用其统计信息实现，并根据您的需要编写您想做的事情，以获取/调用特定功能！ ：）

from snakemake import stats
and do whatever you want .....

1. 如果不能，请在snakemake github上创建问题，他们的开发人员将根据优先级将此功能添加到蛇形的较新版本中！过程非常缓慢。