Question

我有一段距离的赛道。我还有一个该轨道的距离坐标文件。我现在想知道轨道中每个位置被坐标文件覆盖了多少次。

例如，为简单起见，我的轨道长度为10，我的坐标文件包含以下事件：

ID START END AMOUNT
1  2     4   1
2  3     7   2
3  3     4   1
4  4     10  1

这里我们看到4个事件，第二个事件发生两次，因此需要计算两次。输出应为：

这对于我的目的来说是疯狂的，但我觉得解决方案很简单，而且我没有正确地使用Google搜索。

感谢。

Answer 1

以下是通过基础R使用mapply的解决方案，

as.data.frame(table(unlist(rep(mapply(`:`, df$START, df$END), df$AMOUNT))))

给出，

  Var1 Freq
1    2    1
2    3    4
3    4    5
4    5    3
5    6    3
6    7    3
7    8    1
8    9    1
9   10    1

分解以上内容：

mapply(`:`, df$START, df$END)：创建之间的序列 START和STOP
rep(mapply(`:`, df$START, df$END), df$AMOUNT))：按AMOUNT次
table(unlist(rep(mapply(`:`, df$START, df$END), df$AMOUNT)))：创建频率表
as.data.frame：将其包装到数据框（table的原始输出是命名向量）

Answer 2

$ cat file
ID START END AMOUNT
1  2     4   1
2  3     7   2
3  3     4   1
4  4     10  1

$ cat cov.awk
NR > 1 {for (i=1; i<=$4; ++i)
          for (j=$2; j<=$3; ++j) cov[j] += 1}

END {for (i=1; i<=len; ++i)
       if (i in cov) print i, cov[i]}

$ awk -v len=10 -f cov.awk file
2 1
3 4
4 5
5 3
6 3
7 3
8 1
9 1
10 1

在覆盖图中转换轨道中的距离

2 个答案: