Question

我面对墙，我有我的数据，我想要显示PCA。数据看起来像这样：

              mean_HL  mean_LL  mean_FL  mean_ML
 AT1G01080.1  6659961  2481626  3334466  1917721
 AT1G01090.1 14305565 15664978 16938777 13772388
 AT1G01320.1  2417028  7043427 15705767  6236322
 AT1G01790.1  1689920  4840314  6193037  1870497
 AT1G02140.1  5878921  3766975  3536914  3674864
 AT1G02150.1  3271086  2408324  1741409  4520847
 >

PCA我这样计算

tbl_log <- log(MERGE[, 1:4])
Light_mean_PCA <- prcomp(tbl_log,
                       center = TRUE,
                       scale. = TRUE)

接下来我想要想象一下，这就是墙壁进来的地方。

library(devtools)
install_github("ggbiplot", "vqv")

library(ggbiplot)
g <- ggbiplot(Light_mean_PCA, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
          groups = row.names(Light_mean_PCA), ellipse = TRUE, 
          circle = TRUE)
g <- g + scale_color_discrete(name = "")
g <- g + theme(legend.direction = 'horizontal', 
           legend.position = 'top')
print(g)

或以更简单的方式

library(ggfortify); library(ggplot2)
autoplot(prcomp(tbl_log), data = MERGE, colour = MERGE[,c(1,2,3,4)])

我这样做。但是我希望颜色取决于：原始表中的mean_HL，mean_LL，mean_FL，mean_ML。

如何在实验中为四种不同的光照条件获得4种不同的颜色？

R，如何可视化PCA

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