我正在配置 Blast +在我的Mac （os sierra）上，并且无法配置我在本地下载的nr和nt数据库。我正在尝试按照 NCBI的说明here 进行操作，并在配置和示例执行步骤中陷入困境。
他们说要改变我的.bash_profile，以便说：
export PATH=$PATH:$HOME/Documents/Luke/Research/Pedulla\ 17-18/blast/ncbi-blast-2.6.0+/bin
工作正常，他们说为BLASTDB配置路径＆＃34;同样＆＃34;但是对于我的数据库所在的文件，所以我这样做了：
export BLASTDB=$BLASTDB:$HOME/Documents/Luke/Research/Pedulla\ 17-18/blast/blastdb/nt.00
指定我从FTP解压缩nt tar文件时获得的确切文件夹。使用此路径，如果我运行命令...
blastn -query test_query.fa -db nt.00 -task blastn -outfmt "7 qseqid sseqid evalue bitscore" -max_target_seqs 5
然后它运行成功，我得到结果，但我担心这些只是针对整个nt.00数据库文件的nt.00部分进行检查，特别是因为如果我运行我的Web Blast上的test_query.fa序列，我得到了不同的结果。
另外，他们的指示说路径只需指向包含整个数据库文件夹nt.00的文件夹，来自我解压缩的tar - 而不是特定的nt.00本身 - 在我的情况下只会是＆＃34; blastdb /＆＃34; （而不是＆＃34; blastdb / nt.00 /＆＃34;然后包含nt.00.nhd， nt.00.nal 等）。这是有道理的，因为当我工作时，我希望能够在nt数据库上进行爆破，但也可以通过更改命令中的-db标志来对其进行爆破等等，并且不应该出现问题将它们全部放在这个文件夹中吧？但是如果我必须在最后添加nt.00数据库的情况下指定BLASTDB的路径，我怎么能在同一个文件夹（blastdb /）中使用nr.00？ 基本上，我想按照说明进行操作，并且只需要这样做：
export BLASTDB=$BLASTDB:$HOME/Documents/Luke/Research/Pedulla\ 17-18/blast/blastdb/
然后根据我想要使用的数据库，我可以在命令的-db标志之后这样说。但是当我按照上面那样制作路径时，它会给我这个错误：
BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [nt] in search path [/Users/LJStout::/Users/LJStout/Documents/Luke/Research/Pedulla 17-18/blast/blastdb:]
我尝试从上面运行相同的blastn命令并换掉＆＃34; nt＆＃34; for＆＃34; nt.00＆＃34;，并尝试了这些命令，BLASTDB的路径以＆＃34; blastdb /＆＃34;和＆＃34; blastdb / nt＆＃34;当然＆＃34; blastdb / nt.00＆＃34;这是唯一一个没有错误运行的。
另一个我读过的线程的Here's an example OP担心他的执行没有检查整个nt.00文件夹，但这与我的问题不同。谢谢你的帮助！
答案 0 :(得分：1)
整个问题归结为拥有nt.00＆amp; nr.00文件，解压缩各自.tar.gz的原始文件夹，在同一个父文件夹中，应该是他们的内容在同一个父文件夹中。我只是删除了文件夹他们进来把内容复制到我新的单身父母那里。我被指示误解了，这是一个简单的错误。现在，我有一个文件夹blastdb/，其中包含我计划使用的每个数据库的所有内容，包括nt，nr和refseq。