我可以在“phytools”中使用phyl.vcv函数来计算系统发育的Pearson r

Question

'phytools'R包中的phyl.vcv函数计算两个变量之间的系统发育特征方差 - 协方差矩阵。

我可以使用此矩阵计算系统发育的Pearson r值吗？如果是这样，这个r值是否可以用于t检验（用n-2 df）来检验相关的重要性？

Answer 1

Liam Revell在他的博客上发布了一个解决方案，其中包含R代码：http://blog.phytools.org/2017/08/pearson-correlation-with-phylogenetic.html