Question

我想用R建立一个矩阵表示简约性。我找到this phylogenetic package并且我决定尝试一下，虽然我是R的新手。

可以找到

树的子集here

当我使用这个例子时，我能够完美地生成测试树。但是当我使用我的文件时，我收到了这个错误：

Error in XX[rownames(X[[i]]), c(j:((j - 1) + ncol(X[[i]])))] <- X[[i]]
    [1:nrow(X[[i]]),  :   subscript out of bounds

我正在成像的另一件事情不应该是species。因为如果我打印物种，我会得到一个空的“”和两个NA。

(...)
if(i==1) species<-phy[[i]]$tip.label

修改
我尝试过其他的newick文件并且有相同和不同的错误。虽然功能说：

This function reads a file which contains one or several trees in
 parenthetic format known as the Newick or New Hampshire format.

似乎无法读取这些文件。有什么想法吗？

是否有人愿意帮助了解我应该怎么做以避免此错误？

谢谢！

Answer 1

我是如何解决这个问题的？

我尝试过不同的newick文件，所有这些都给了我一个错误。

由于它使用了作者提供的示例，在一个建议之后我决定将这些测试树写入文件，意识到树没有任何距离，在从文件中移除距离后， Liam提供的代码工作！