我想使用birthdeath
包的ape
来确定给定系统发育树的出生率和死亡率,我得到以下错误:
birthdeath(phy)
Error in solve.default(out$hessian) :
Lapack routine dgesv: system is exactly singular: U[1,1] = 0
In addition: Warning messages:
1: In nlm(function(p) dev(p[1], p[2]), c(0.1, 0.2), hessian = TRUE) :
NA/Inf replaced by maximum positive value
2. etc...
树phy
是超参数的,看起来很好,checkValidPhylo
为真(特别是所有边都有正长度)。它绘得很好,看起来很正常......
如果需要,我可以上传树。