" birthdeath"出错功能(系统发育树分析)

时间:2016-02-12 16:25:02

标签: r lapack phylogeny ape-phylo

我想使用birthdeath包的ape来确定给定系统发育树的出生率和死亡率,我得到以下错误:

birthdeath(phy)

Error in solve.default(out$hessian) : 
  Lapack routine dgesv: system is exactly singular: U[1,1] = 0
In addition: Warning messages:
1: In nlm(function(p) dev(p[1], p[2]), c(0.1, 0.2), hessian = TRUE) :
  NA/Inf replaced by maximum positive value
2. etc...

phy是超参数的,看起来很好,checkValidPhylo为真(特别是所有边都有正长度)。它绘得很好,看起来很正常......

如果需要,我可以上传树。

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