Question

这似乎可以在SnakeMake中用于链参数。这是可以做的，还是会在并行环境中引起问题，是否应该使用PersistentDict？

rule a:
    params:
            a = "Param A", b="Param B"
    ...


rule b:
    params: rules.a.params.b

Answer 1

我会反对这种方法，因为它会导致needlessly coupled system

现在＆＃34;规则b＆＃34;必须始终伴随着＆＃34;规则a＆＃34;

我不必要地说，因为另一种选择是在YAML (or JSON) file中声明外部变量，并且两个param指令都接受它作为参数。

config.yaml~ Personal Example

a: Param A
b: Param B

Snakefile~ Personal Example with just a single rule

configfile: "config.yaml"

rule a:
    ...
    params:
        importantRuleAVar = config["a"]
    ....


rule b:
    ...
    params:
        importantRuleBVar = config["a"]
    ...

这在我的管道中至关重要，因为我需要为我的管道的大部分内容使用相同的wildcard_constraint正则表达式，但我并不想最终将所有规则耦合在一起。

也适用于对准器的质量阈值等问题。有时您会在不同的对齐器中使用类似的阈值进行比较。

SnakeMake中的链式参数

1 个答案: