Question

在通过蛇形包装器使用picard或fgbio之类的工具时，我总是遇到内存不足的问题。目前，我诉诸直接shell调用，这使我可以设置VM的内存。我希望将这些参数传递给包装的工具。是否有办法通过resources指令传递类似mem_mb=10000的东西？我试过了，但是还没有开始工作。

Answer 1

我从未使用过wrapper伪指令，但是例如在markduplicates/wrapper.py上，shell命令是picard MarkDuplicates {snakemake.params} ...。那么也许使用params插槽有效吗？

rule markdups:
    input:
        'in.bam',
    output:
        bam= 'out.bam',
        metrics= 'metrics.tmp',
    params:
        mem= "-Xmx4g",
    wrapper:
        "0.31.0/bio/picard/markduplicates"

picard应该了解-Xmx...是一个Java参数。

Answer 2

根据包装器源（https://bitbucket.org/snakemake/snakemake-wrappers/src/bd3178f4b82b1856370bb48c8bdbb1932ace6a19/bio/picard/markduplicates/wrapper.py?at=master&fileviewer=file-view-default），它使用cmdline：

from snakemake.shell import shell


shell("picard MarkDuplicates {snakemake.params} INPUT={snakemake.input} "
      "OUTPUT={snakemake.output.bam} METRICS_FILE={snakemake.output.metrics} "
      "&> {snakemake.log}")

因此您可以使用params: "smth"部分传递任何选项。

如果您检查picard可执行脚本源，

 cat `which picard`

您会发现：

...
pass_args=""
for arg in "$@"; do
    case $arg in
        '-D'*)
            jvm_prop_opts="$jvm_prop_opts $arg"
            ;;
        '-XX'*)
            jvm_prop_opts="$jvm_prop_opts $arg"
            ;;
         '-Xm'*)
            jvm_mem_opts="$jvm_mem_opts $arg"
            ;;
         *)
            if [[ ${pass_args} == '' ]] #needed to avoid preceeding space on first arg e.g. ' MarkDuplicates'
            then 
                pass_args="$arg" 
            else
                pass_args="$pass_args \"$arg\"" #quotes later arguments to avoid problem with ()s in MarkDuplicates regex arg
            fi
            ;;
    esac
done
...

所以我认为这应该可行：

rule markdups:
    input:
        "in.bam",
    output:
        bam = "out.bam",
        metrics = "metrics.tmp",
    params:
        "-Xmx10000m"
    wrapper:
        "0.31.0/bio/picard/markduplicates"

使用Snakemake包装器时，是否可以为Java VM设置参数？

2 个答案: