Question

首先，这可能是Snakemake and pandas syntax的副本。但是，我仍然很困惑，所以我想再次解释。

在Snakemake中，我加载了一个带有几列的示例表。其中一列称为“ Read1”，其中包含特定于样本的读取长度。我想分别为每个样本获取此值，因为它可能有所不同。

我期望的是这样的：

rule mismatch_profile:
    input:
        rseqc_input_bam
    output:
        os.path.join(rseqc_dir, '{sample}.mismatch_profile.xls')
    conda:
        "../envs/rseqc.yaml"  
    params:
        read_length = samples.loc['{sample}']['Read1']
    shell:
        '''
        #!/bin/bash
        mismatch_profile.py -i {input} -o {rseqc_dir}/{wildcards.sample} -l {params.read_length}

但是，这不起作用。由于某些原因，我不允许在标准Pandas语法中使用{sample}，但出现此错误：

KeyError in line 41 of /rst1/2017-0205_illuminaseq/scratch/swo-406/test_snakemake_full/rules/rseqc.smk:
'the label [{sample}] is not in the [index]'

我不明白为什么这行不通。我读到我也可以使用lambda函数，但由于它们仍然需要{sample}作为输入，因此我并不十分清楚。

有人可以帮助我吗？

Answer 1

您可以使用lambda函数

params:
    read_length = lambda wildcards: samples.loc[wildcards.sample, 'Read1']

Snakemake和Pandas语法：从示例表中获取示例特定参数

1 个答案: