pymol忽略python脚本中的隐藏对象

Question

我正在编写一个python脚本，从PyMol命令行运行，以绘制特定核之间的距离。它运行！我现在要做的是仅在PyMol查看器中未隐藏的链之间绘制距离。这将是方便的，因为它允许我简单地打开PDB文件，隐藏我不需要的链，并运行脚本仅在所示的链上绘制距离。这可能吗？

理想情况下，我在以下行中有一个if语句：

if cmd.hide(object) == False:
    cmd.distance(...)

要清楚，我明白cmd.hide()可能无法作为布尔值运行。我一直在查看PyMol文档，但还没有找到类似的东西。

谢谢！

Answer 1

您可以使用selection keyword visible（缩写为v.）仅选择可见的对象。例如，如果要列出所有可见对象，可以使用以下脚本：

visible_objects = cmd.get_object_list('(visible)')
for obj in visible_objects:
    print(obj)