Question

我想使用PyMol脚本选择蛋白质中的某些高度保守的残基（通过评分机制计算并列在文本文件中 - 每个残基在一行中）。我正在使用的PyMol脚本无效。如果有人可以帮助我，我将非常感谢你。

当单独运行时，脚本的一部分工作完全正常 - 当脚本中提到残留编号时没有从文本文件中导入列表而只是用于将文件中的数字加载到数组中的python脚本也可以使用Pymol脚本单独运行时很好。但是当它在下面的脚本中被组合时会出现问题 - 当从文本文件导入列表后需要从数组中获取残留数时。任何帮助表示赞赏。谢谢！

#!/usr/bin/python
from pymol import cmd
import string
cmd.load("/home/xyz/proteinA.pdb", 'protein')

f=open('/home/xyz/residuedata.txt','r')
array = []
filecontents = f.read().split()
for val in filecontents:
        array.append(int(val))
f.close()
for i in array:
    cmd.select("residuedata", "resi i")
    cmd.show('sphere', "residuedata")
    cmd.color ('red', "residuedata")

Answer 1

"resi i"字符串不了解您的i变量。

你打算这样做吗？

for i in array:
    cmd.select("residuedata", "resi {}".format(i))

通过从文本文件导入残留列表，使用PyMol脚本选择蛋白质中的保守残基

1 个答案: