如何以共识启动glmulti

时间:2017-04-07 18:04:37

标签: r genetic-algorithm glm

鉴于:

  • 使用R / Rstudio和库“glmulti”
  • 我们使用123465的“set seed”
  • 我们使用了Noam Ross数据和教程glmulti(hyperlink

除了我们使用此代码进行5次“子运行”:

fish.model_N <- glmulti(global.model,
        level = 2,  #  just look at main effects
        method = "g",
        crit="aicc",
        report = TRUE,
        plotty = FALSE,
        popsize = 10,
        mutrate = 0.025,
        sexrate = 0.01,
        imm = 0.33,
        confsetsize = 3,
        deltaM = 10,
        deltaB = 0)

而不是“N”我们有值1 ... 5表示它是什么设置。

我们如何将它们组合起来并将它们用于更多的glmulti?

我想做这样的事情:

  1. 有五个随机开始
  2. 从他们那里选择最好的跑步
  3. 将其用作较大跑的起始位置
  4. 思想:

    • 看起来“共识”从列表中找到了更好的模型。
    • 如果我们把共识的输出作为输入,那么'glmulti'错误地说“glmulti的不正确调用”。

    澄清(根据要求):

    • 共识可能需要几次以前的运行并找到“最佳” 那些。
    • 遗传算法建立在自身之上。以前的“最佳” 迭代被“变异”或“交叉交配”以创建候选者 评估下一次迭代。
    • 遗传模型可能对初始条件敏感,因此具有 搜索的多个起点可以加快搜索速度。
    • 似乎没有一种干净的方式“注入”人口, 来自共识或其他方式。这意味着我们不能拿10个小 运行,但具有不同的随机IC和突变路径,并找到 最好的,并将其作为“好种子”来开始更大的运行。

    如果将“新种子”输入“活基因池”进行评估,它可能会为'glmulti'增加相当多的可扩展性,因为它运行时如果“当前最佳”可以弹出而不停止运行(许多)。

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