glmulti - 多核选项？

Question

我正在使用＆＃39; R＆＃39;图书馆＆＃34; glmulti＆＃34;并进行详尽的搜索。

相关代码：

local1.model <- glmulti(est, # use the model with built as a starting point
                        level = 1,  #  just look at main effects
                        method = "h",
                        crit="aicc") # use AICc because it works better than AIC for small sample sizes

变量＆＃34; est＆＃34;是一个合适的GLM，通知glmulti。

如果我是一个基于Java的程序，必须做几十万次同样的事情，那么我会使用多个核心。

我的glmulti没有有效地使用我的核心。

有没有办法将其切换为使用我的更多系统？

注意：当我使用＆＃39; h2o＆＃39;它可以最大化CPU并对内存产生强烈冲击。

Answer 1

R是单线程的（除非该函数是在具有自己的线程的库上构建的）。您可以使用rparallel库（它是核心R的一部分）手动向代码添加并行化：http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/parallel/doc/parallel.pdf

我认为使用它是非常重要的。它在R之上是一个黑客，所以它会进行大量的内存复制，如果你关心效率，你需要考虑一下发生了什么。

glmulti看起来应该是平行的（即，即使使用遗传算法，每个参数组合也可以并行完成）。我的猜测是他们打算添加它，但开发停止了（自2009年9月以来没有更新）。