计算从集合节点到所有其他节点的最短路径，其中一些节点被禁止从路径

Question

我想在Python中实现以下内容但不知道从哪里开始。是否有这种类型的最短路径问题的好模块？

我正在尝试将特定原子（节点）中的最短路径定义为3D化学结构（图形）的给定xyz坐标集合中的所有其他原子（节点）。原子（节点）之间的键是允许从节点到节点的行程的边缘。

我试图根据选定中心节点向外的连接从分子（图表）中过滤掉某些原子（节点）。

**对于所考虑的路径，我想禁止某些原子（节点）交叉。如果从A到B的最短路径是通过禁止节点，则不允许这个答案。从A到B的最短路径不得包含禁用节点**

如果从所选中心原子（A）到另一个其他节点（B）的最短路径包含禁用节点，并且通过可用边（键）没有其他路径从A到B可用，那么节点B应该从要保存的最终xyz坐标（节点）集中删除。

对于结构（图形）中的所有其他原子（节点），应对A到C，A到D，A到E等重复这一过程。

提前感谢您提供的任何帮助。

Answer 1

确保导致禁止节点的所有边缘都具有无限成本，并且您使用的任何图形遍历算法都将自动处理它。

或者，只需删除图形遍历算法所考虑的禁用节点。

Answer 2

要回答问题的第一部分，我建议networkx.这是一个通用的图表库，很容易进入（我在博士中使用过它）。