Question

我正在尝试关联flowSet，取gateSet，然后将其导出到单独的FCS文件，这些文件应该只包含我选择的数据。我的命令如下：

使用我想要的名称读取FCS文件

s <- read.flowSet(path = path,files = secondary_datasets,
                  transformation = FALSE, sep="\t")

使用我在用户先前作为输入提供的父级中创建的自定义矩阵（mat）应用选通

gs <- GatingSet(fs)
bf <- rectangleGate(filterId=id, .gate=mat)
add(gs, bf, parent=parent)
recompute(gs)

然后尝试导出新的FCS文件

write.flowSet(gs@data,outdir = path,"test")

问题是我新创建的FCS文件（1_test，2_test）与预先创建的FCS文件相同。我可以看到flowSet中的文件正确加载，并且门控没有给我任何错误，所以我猜它也能正常工作，因为它有几行代码。我错过了什么？ gs@data不是给我封闭的flowSet吗？如果没有，我怎么能得到它？

对不起，如果我的问题不够清楚，我不是生物学家。