读取FCS文件

Question

我正在研究流式细胞仪。 我想使用python解析.fcs文件。我在互联网上研究过，有一个模块fcm，但这是针对Linux操作系统的，我正在开发Windows。

我想知道如何使用python解析windows中的.fcs文件？ 如果有人知道如何在Windows中使用fcm，请让我知道。

Answer 1

Pyfcm可以在Windows上运行。加载fcs文件的教程是http://packages.python.org/fcm/basic.html。安装人员在http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#py-fcm

Answer 2

结帐FlowPy。其download page上列出的预先要求都链接到Windows二进制文件。似乎是一个不错的FCS GUI（甚至是非GUI）项目。

Answer 3

另一个分析流式细胞仪数据的python项目是FlowCytometryTools：http://gorelab.bitbucket.org/flowcytometrytools/

在使用所需的依赖项（matplotlib，pandas等）设置python之后，这应该适用于任何操作系统。

Answer 4

我是FCM代码库的维护者，在原始作者毕业后继承。 FCM旨在支持分层Dirichlet流程（HDP）聚类算法。我最终决定将功能分成3个不同的库：

• FlowIO：对于那些只需要读取FCS数据或创建新的FCS文件的人
• FlowUtils：用于执行基本流函数（补偿和变换）
• FlowStats：适用于希望使用特定HDP群集算法的人

除了这些以外，我们最近还开始在FlowKit上进行开发，它有望成为用于流式细胞术分析和可视化的更高级，（更希望是）更直观的Python框架，包括GatingML支持。 / p>

请注意，FlowIO和FlowUtils都在PyPI上，并且可以通过pip进行安装，并且由于依赖关系的数量减少和最新的错误修复，两者都应与所有平台（包括Windows，Mac和Linux）更兼容。