我坚持在LIMMA中为我的微阵列实验设计创建设计矩阵。该实验由40个Agilent阵列组成。受试者用两种压力条件（S1和S2）治疗。在每种压力条件下，在5个时间点（0,6,12,24和48）对受试者进行取样。以这样的方式进行微阵列实验，使得特定时间点的每四个阵列，无论应激处理如何，都是染料交换的。
基本上，这是一个关于同一主题的时间过程实验，有两种不同的压力。我想知道哪些是重要/负责压力1或2的基因。目标文件如下所示：
SampleNumber FileName Cy3 Cy5 Stress
1 Array1 pool1 S1_Time0 S1
2 Array2 pool1 S1_Time0 S1
3 Array3 pool1 S1_Time0 S1
4 Array4 S1_Time0 pool1 S1
5 Array5 pool1 S1_Time6 S1
6 Array6 pool1 S1_Time6 S1
7 Array7 pool1 S1_Time6 S1
8 Array8 S1_Time6 pool1 S1
9 Array9 pool1 S1_Time12 S1
10 Array10 pool1 S1_Time12 S1
11 Array11 pool1 S1_Time12 S1
12 Array12 S1_Time12 pool1 S1
13 Array13 pool1 S1_Time24 S1
14 Array14 pool1 S1_Time24 S1
15 Array15 pool1 S1_Time24 S1
16 Array16 S1_Time24 pool1 S1
17 Array17 pool1 S1_Time48 S1
18 Array18 pool1 S1_Time48 S1
19 Array19 pool1 S1_Time48 S1
20 Array20 S1_Time48 pool1 S1
21 Array21 pool2 S2_Time0 S2
22 Array22 pool2 S2_Time0 S2
23 Array23 pool2 S2_Time0 S2
24 Array24 S2_Time0 pool2 S2
25 Array25 pool2 S2_Time6 S2
26 Array26 pool2 S2_Time6 S2
27 Array27 pool2 S2_Time6 S2
28 Array28 S2_Time6 pool2 S2
29 Array29 pool2 S2_Time12 S2
30 Array30 pool2 S2_Time12 S2
31 Array31 pool2 S2_Time12 S2
32 Array32 S2_Time12 pool2 S2
33 Array33 pool2 S2_Time24 S2
34 Array34 pool2 S2_Time24 S2
35 Array35 pool2 S2_Time24 S2
36 Array36 S2_Time24 pool2 S2
37 Array37 pool2 S2_Time48 S2
38 Array38 pool2 S2_Time48 S2
39 Array39 pool2 S2_Time48 S2
40 Array40 S2_Time48 pool2 S2