边缘R分析的设计矩阵？

Question

我想将Q方法与L方法进行比较，我考虑了两种不同的对比（最后），但我不确定哪种方法是正确的？

有2种不同的方法（Q和L），每种方法有2个生物学重复（L4，L6-L8和Q3，Q5-Q7），以及来自每个生物学重复的2个技术重复。如下：

设计

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<div class=\"outer\">
<div class=\"job_details\">

Answer 1

首先，需要对技术重复进行求和以进行差异表达分析。您只需将两个计数一起添加即可。

总结技术重复后，您的数据应如下所示：

Sample <- c("L4", "L6_L8", "Q3", "Q5_Q7")
Method <- c("L", "L", "Q", "Q")
df <- data.frame(Sample, Method)

  Sample Method
1     L4      L
2  L6_L8      L
3     Q3      Q
4  Q5_Q7      Q

设计矩阵现在很简单：

design.matrix <- model.matrix(~0 + Method)
colnames(design.matrix) <- c("L","Q")
  MethodL MethodQ
1       1       0
2       1       0
3       0       1
4       0       1

对比度也变得简单：

my_contrast <- makeContrasts(L-Q, levels = design.matrix)

Contrasts
Levels L - Q
     L     1
     Q    -1

这不是您问题的一部分，但您拥有绝对最小数量的生物学重复，假设上表代表您的实际数据。不要将技术重复作为生物学重复。您将增加类型1错误。