从R中的邻接矩阵/边列表生成集群

Question

我正在尝试寻找潜在的群集或节点组（在这种情况下是论坛消息）。

在当前数据中，每个节点（消息）暂时与其他n个消息组合在一起，并且该组给出了名称。因此，我们知道msg ID 1与msg ID 3和7一起被看到，比如说。

我目前正在使用该信息构建边缘列表（如果它们已组合在一起，边缘存在），然后使用walktrap社区生成树形图。

鉴于边缘列表，还有其他方法来梳理群组或群集吗？ （我正在使用R，但指向任何内容都会有所帮助）。

谢谢你的时间！

Answer 1

我对R不太了解，但是......

This overview paper详细讨论了图聚类。您可能还对Markov clustering（MCL）算法感兴趣。

Answer 2

对于R中的网络分析，我建议使用igraph。你已经在使用它吗？它允许使用不同的聚类方法构建树形图。然后使用community.to.membership（）来剪切树形图。 MCL算法尚未从igraph中获得，但它可以很容易地从命令行运行。

Answer 3

一种常见的全能方法似乎是为数据建立一个邻接矩阵，然后使用矩阵乘法来构建一种传递闭包，然后，例如，计算逆矩阵以识别“原因”，或计算PCA / ICA来识别群体。