Question

我想用荧光光谱数据进行平行因子分析（PARAFAC）。我有一个三维数组（39x151x43），我传递给“multiway”包中的parafac函数。到目前为止，它运行良好，但我得到一些组件的负值。我在手册中读到，可以指定非负性的约束。但是，我不明白约束选项的向量应该如何。当我尝试执行以下操作时，我收到一条错误，指出“输入'const'必须是3个元素向量，为每个模式指定约束”

#### creating dummy values for Stackoverflow ####
A <- c(1:39)
B <- rnorm(151, mean =1, sd=0.5)
C <- rnorm(43, mean=1, sd = 0.5)

myArray <- array(c(A,B,C), dim = c(39,151,43))
dim(myArray)

library(multiway)  # load the library
myModel <- parafac(myArray, nfac = 3) # how to set const? 
#Input 'const' must be  3  element vector specifying constraint for each mode

有些google-fu无济于事。矢量如何看起来像parafac函数接受它？任何帮助或指向答案将不胜感激。

Answer 1

约束矢量的参数是不受约束的：0，正交：1，非负的：2。

如果所有三个输入A，B，C都是非负的，则约束矢量应为const=c(2,2,2)

#Always remember to use set.seed when performing random sampling
#this ensures the example is reproducible 

set.seed(123)
A <- c(1:39)
B <- rnorm(151, mean =1, sd=0.5)
C <- rnorm(43, mean=1, sd = 0.5)

myArray <- array(c(A,B,C), dim = c(39,151,43))
dim(myArray)

library(multiway)

#Without constraints  
myModel_Default <- parafac(myArray, nfac = 3) 

#Percentage of negative elements

sum(myModel_Default$A<0)/length(myModel_Default$A)
#[1] 0.3333333
sum(myModel_Default$B<0)/length(myModel_Default$B)
#[1] 0.6865342
sum(myModel_Default$C<0)/length(myModel_Default$C)
#[1] 0.3488372

#With constraints

myModel_NonNeg <- parafac(myArray, nfac = 3,const=c(2,2,2))

sum(myModel_NonNeg$A<0)/length(myModel_NonNeg$A)
#[1] 0
sum(myModel_NonNeg$B<0)/length(myModel_NonNeg$B)
#[1] 0
sum(myModel_NonNeg$C<0)/length(myModel_NonNeg$C)
#[1] 0

如何使用R中的多路径包在并行因子分析中设置非负性约束？

1 个答案: