Question

在R终端中运行以下代码时：

library(parallel)
func <- function(a,b,c) a+b+c

testfun <- function() {
    cl <- makeCluster(detectCores(), outfile="parlog.txt")    
    res <- clusterMap(cl, func, 1:10, 11:20, MoreArgs = list(c=1))
    print(res)
    stopCluster(cl)
}

testfun()

......它运作得很好。但是，当我将两个函数定义复制到我自己的包中时，添加一行#' @import parallel，在R终端上执行dev_tools::load_all("mypackage")，然后调用testfun()，我得到一个

Error in unserialize(node$con) (from myfile.r#7) :
error reading from connection

其中＃7是包含对clusterMap的调用的行。

所以完全相同的代码在终端上运行，但不在包内。

如果我查看parlog.txt，我会看到以下内容：

starting worker pid=7204 on localhost:11725 at 13:17:50.784
starting worker pid=4416 on localhost:11725 at 13:17:51.820
starting worker pid=10540 on localhost:11725 at 13:17:52.836
starting worker pid=9028 on localhost:11725 at 13:17:53.849
Error: (converted from warning) namespace 'mypackage' is not available and has been replaced
by .GlobalEnv when processing object ''
Error: (converted from warning) namespace 'mypackage' is not available and has been replaced
by .GlobalEnv when processing object ''
Error: (converted from warning) namespace 'mypackage' is not available and has been replaced
by .GlobalEnv when processing object ''
Error: (converted from warning) namespace 'mypackage' is not available and has been replaced
by .GlobalEnv when processing object ''

问题的根源是什么？如何解决？

请注意，我是用一个完全新鲜的裸包来做这件事的。（由devtools::create创建。）因此，不与现有的，可能具有破坏性的代码进行交互。

Answer 1

在撰写问题时，我实际上找到了答案，并将在此处分享。

此处的问题是包devtools和parallel的组合。

显然，出于某种原因，parallel要求将包mypackage安装到某个本地库中，即使您不需要明确地将其加载到工作程序中 （例如使用clusterEvalQ(cl, library(mypackage))或类似的东西）！

我正在使用通常的devtools工作流程，这意味着我一直在dev_mode()工作。但是，这导致我的软件包只安装在一些特殊的开发模式文件夹中（我不知道它在内部是如何工作的）。调用的工作进程parallel不会搜索这些内容，因为它们不在dev_mode中。

所以这是我的＆＃39;解决方法＆＃39;：

## turn off dev mode
dev_mode() 
## install the package into a 'real' library
install("mypackage") 
library(mypackage)
## ... and now the following works:
mypackage:::testfun()

正确Hadley just pointed out，另一种解决方法是添加一行

clusterEvalQ(cl, dev_mode())

群集创建后立即

。这样，可以使用dev_mode。

如何使用devtools在另一个包内使用并行包？

1 个答案: