Question

我目前正在为R包编写一个函数。该功能旨在做的部分工作是（a）将数据作为输入，（b）根据可接受的值列表检查其中一列。

这些可接受的值是从另一个组织给我的。它们位于.csv文件中。我想要做的是加载此.csv文件并将其用作参考，以检查用户的列是否具有有效值。

例如，假设用户拥有以下数据：

set.seed(1839)
user <- data.frame(x=sample(letters,10),
                   y=rnorm(10))
user

   x          y
1  v -0.7025836
2  p -1.4586245
3  f  0.1987113
4  y  1.0544690
5  o -0.7112214
6  m  0.2956671
7  b  0.3016737
8  a -0.0945271
9  x -0.2790357
10 c  0.1681388

.csv包含许多（有用的）列，但我现在只关心一个（z）：

ref <- data.frame(z=letters[1:4], a=rnorm(4), b=(rnorm(4)))
ref

  z          a          b
1 a -0.3563105  1.4536406
2 b  1.6841862  1.3232985
3 c  1.3073516 -0.6978598
4 d  0.4352904 -0.3971175

我想要运行的代码是（注意：我没有在实际函数中调用library，我只是为了简单起见而在这里做）：

library(dplyr)
valid_values <- ref %>%
  select(z) %>% 
  unname() %>% 
  unlist() %>% 
  as.character()

summary <- user %>% 
  mutate(x_valid=ifelse(x %in% valid_values, TRUE, FALSE))

summary告诉我x中user的哪些值有效：

   x          y x_valid
1  v -0.7025836   FALSE
2  p -1.4586245   FALSE
3  f  0.1987113   FALSE
4  y  1.0544690   FALSE
5  o -0.7112214   FALSE
6  m  0.2956671   FALSE
7  b  0.3016737    TRUE
8  a -0.0945271    TRUE
9  x -0.2790357   FALSE
10 c  0.1681388    TRUE

现在，我在功能代码中使用什么来替换ref？我应该在哪里将这些数据存储在我的包裹中？我该如何加载它？我应该将它转换为什么类型的文件？

该功能应如下所示：

x_check <- function(data) {

  # get valid values
  valid_values <- ??? %>%
    select(z) %>% 
    unname() %>% 
    unlist() %>% 
    as.character()

  # compare against valid values
  return(
    data %>% 
    mutate(x_valid=ifelse(x %in% valid_values, TRUE, FALSE))
  )
}

如何更换???以获取我的数据？我不关心用户是否能够看到我想加载的ref数据。

我正在使用devtools::load_all("directory/for/my/package")来测试我的包裹。相关会议信息：

R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: Red Hat Enterprise Linux Server 7.3 (Maipo)

other attached packages:
[1] roxygen2_6.0.1             devtools_1.13.2

Answer 1

请参阅Hadley Wickham关于R编写程序包的书，其中他解释了how to store data in a package。

“包数据的最常见位置是（惊奇！）data /。此目录中的每个文件应该是一个由save（）创建的.RData文件，其中包含单个对象（与文件同名）。

这将使您的数据集可供具有packagename :: data的软件包的任何用户访问。

Answer 2

我明白了，以防万一将来有人遇到这个问题。我是如何实现这一点的，只是从函数中的本地环境中的/data文件中加载数据：

x_check <- function(data) {

  # get reference data
  data("ref", envir=environment())

  # get valid values
  valid_values <- ref %>%
    select(z) %>% 
    unname() %>% 
    unlist() %>% 
    as.character()

  # compare against valid values
  return(
    data %>% 
    mutate(x_valid=ifelse(x %in% valid_values, TRUE, FALSE))
  )
}

如何在R包中的函数内使用数据？

2 个答案: