VMD在完成之前终止模拟

Question

我尝试在200 ps模拟的基础上使用VMD / NAMD运行1 ns模拟，因此我将程序设置为运行800000，时间步长为1.但是，第二天（大约需要12小时）它完成了，但我只有~16500帧。有谁知道为什么程序只收集这么多帧？我有一个类似的问题，运行不同的模拟：我要求它运行的数量和我得到的帧数是不一样的。

Answer 1

在计算机的视频卡内存用完之前，VMD只能加载这么多数据。在VMD崩溃之前，我通常只能加载25000帧模拟系统。您应该在没有VMD的情况下运行仿真，然后在VMD中以小块查看它。