用于从距离矩阵绘制树形图的算法或库

时间:2016-11-02 12:20:58

标签: python hierarchical-clustering dendrogram hamming-distance

我正在寻找算法或库。我不想让你写我的代码。

我有遗传SNP信息的csv文件。它采用以下格式:

marker, variety1, variety2, variety3

m1, AA, AA,AG

m2, TT, TT, TT

m3, GG, GG, GG
...

我使用汉明距离计算了距离矩阵。

           variety1, variety2, variety3, 
variety1,   0,        n,        n

variety2,   n,       0,         n

variety3,    n,       n,        0

其中n是列和行中每个品种的汉明距离。

这是我需要绘制树状图的矩阵吗?

怎么做?

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