Question

我构建了一个爆炸本地数据库。但是，当我运行blastn命令时，我收到此错误消息：

T0＆＃34; /home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c ++ / compilers / unix /../../ src / algo / winmask / seq_masker_istat_factory.cpp＆＃34 ;，第170行：错误：ncbi :: CSeqMaskerIstatFactory :: DiscoverStatType（） - 无法打开

T0＆＃34; /home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c ++ / compilers / unix /../../ src / algo / winmask / seq_masker_istat_factory.cpp＆＃34 ;，第271行：错误：ncbi :: CSeqMaskerIstatFactory :: create（） - 无法创建单位计数容器

我正在使用此命令创建blast本地数据库：

makeblastdb -in chr23.fa -parse_seqids -dbtype nucl

这是我执行blastn的命令：

blastn -task megablast -db HumanGenome/blastdb/chr23.fa -window_masker_taxid 9606 -query readBatch.txt -out blastOut.txt

任何帮助都会非常感激。谢谢

Answer 1

似乎您需要首先创建WindowMasker文件：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279687/

具体而言，链接的内容提到了第1步：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279681/#cookbook.Create_masking_information_usin_1

Answer 2

如果windowmasker不是绝对要求，请考虑RepeatMasker

有多个安装步骤，但你的所有步骤都非常简单。我发现他们的文档比windowmasker文档更好，并且他们声称更好的屏蔽覆盖率。

（我的经验特别针对免费的HMMER / Dfam选项。）

（我的第二篇关于创建掩蔽数据库的要求的评论......你是否试过在没有windowmasker选项的情况下运行相同的blastn？）

爆炸无法创建单位计数容器

2 个答案: