Question

我试图从go条款列表中获取祖先。我在R中使用了bioconductor来完成这项任务。但我对结果感到很困惑。我将举一些结果的例子：
输入：

AT3G52150   GO:0009570  GO:0009941  GO:0009570  GO:0009535  GO:0009579  GO:0009941  GO:0009507  GO:0009570  GO:0009570  GO:0009570  GO:0009570  GO:0009570  GO:0009579  GO:0009507  GO:0009507  GO:0009570  GO:0009579  GO:0009535  GO:0009579  GO:0009570  GO:0009570  GO:0009507  GO:0009507  GO:0009941  GO:0009941  GO:0009507  GO:0009570  GO:0009570  GO:0009535  GO:0009535  GO:0009535  
AT1G56450   GO:0022626  GO:0022626  GO:0005839  GO:0005737  GO:0005829  GO:0022626  GO:0022626  GO:0005737  GO:0000502  GO:0005839  
AT3G07100   GO:0005789  GO:0030127  GO:0033116  GO:0000139  GO:0030127  GO:0005789  GO:0005789  GO:0000139  GO:0033116  GO:0033116  GO:0030127  GO:0005737  GO:0005789  GO:0000139  GO:0000139  
AT1G07040   GO:0009507

输出

[1] "GO:0005622" "GO:0005575" "GO:0005623" "GO:0044424" "GO:0044464" "all"       
[1] "GO:0005622" "GO:0005575" "GO:0005623" "GO:0044424" "GO:0044464" "all"       
[1] "GO:0005622" "GO:0005575" "GO:0005623" "GO:0044424" "GO:0044464" "all"       
[1] "GO:0005622" "GO:0005575" "GO:0005623" "GO:0005737" "GO:0043231" "GO:0009536" "GO:0043226"
[1] "GO:0043227" "GO:0043229" "GO:0044424" "GO:0044444" "GO:0044464" "all"

我将解释这个结果意味着什么，所以我结合了一个访问号码的不同细胞成分并获得这些的父母（使用R中的GOCCANCESTOR）。因此，我在上面粘贴的输出中的每一行都是属于一个accessionnumber的蜂窝组件的父项。
但是，我不了解输出。我假设＆＃34;所有＆＃34;是所有细胞成分GO术语的层次结构的顶层（不确定这一点，因为我无法找到任何关于它的文档）。
所以我认为右边的方法意味着更高层次，但是如果这是真的，那么在左侧所有的go条款都相同，我会期望在右侧如果＆＃34; all＆＃ 34;意味着顶部。
我希望somone与GO条款或R中的GOCCANCESTOR一起是familair

的更新
在这些术语没有排序的情况下，我如何对它们进行排序，以便我在theyarchy中获得尽可能低的条件？

我不确定是否必须在stackoverflow或生物学上发布此内容，如果您认为不应该在此发布，请告诉我

R bioconductor GO术语输出解释

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