Question

我有两个Large DNAStringSet个对象，每个对象包含2805个条目，每个条目的长度为201.我想简单地将它们组合起来，因此要有2805个条目，因为每个条目都是这个大小，但是我想要一个对象，两者的组合。

我试图这样做

s12 <- c(unlist(s1), unlist(s2))

但是这创建了具有1127610个元素的单个Large DNAString对象，这不是我想要的。我只是想为每个样本组合它们。

修改

名为DNASTringSet和s1的{{1}}个对象中的每个条目都具有与此相似的格式：

s2

Answer 1

如果您的目标是返回一个列表，其中每个列表元素是原始列表中相应列表元素的串联，其中包含长度为2805的列表，其中每个列表元素的长度为402，您可以使用Map。以下是一对较小的列表示例。

# set up the lists
set.seed(1234)
list.a <- list(a=1:5, b=letters[1:5], c=rnorm(5))
list.b <- list(a=6:10, b=letters[6:10], c=rnorm(5))

每个列表包含3个元素，它们是长度为5的向量。现在，按列表位置将列表与Map和c连接起来：

Map(c, list.a, list.b)
$a
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

$b
 [1] "a" "b" "c" "d" "e" "f" "g" "h" "i" "j"

$c
 [1] -1.2070657  0.2774292  1.0844412 -2.3456977  0.4291247  0.5060559 
     -0.5747400 -0.5466319 -0.5644520 -0.8900378

对于您所描述的问题，您可以使用

s12 <- Map(c, s1, s2)

Map的第一个参数是一个函数，它告诉Map如何处理你给它的列表项。在这些列表项上面是a和b，在您的示例中，它们是s1和s2。

Answer 2

您可以将每个struct myType { int id; string s1; string s2; }; bool operator < (const myType& t1, const myType& t2) { return make_tuple(t1.id, t1.s1, t1.s2) < make_tuple(t2.id, t2.s1, t2.s2); }转换为字符。例如：

DNAStringSet

然后将它们粘贴到library(Biostrings) set1 <- DNAStringSet(c("GCT", "GTA", "ACGT")) set2 <- DNAStringSet(c("GTC", "ACGT", "GTA")) as.character(set1) as.character(set2)：

中

DNAStringSet

Answer 3

由于您使用的是 Biostrings 包中的 DNAStringSet，我建议您使用该包的默认函数来处理 XStringSet。使用 r 基函数会花费很多时间，因为它们需要进行不必要的转换。

所以你可以使用 Biostrings xscat 函数。例如：

library(Biostrings)
set1 <- DNAStringSet(c("GCT", "GTA", "ACGT"))
set2 <- DNAStringSet(c("GTC", "ACGT", "GTA"))

xscat(set1, set2)

结果是：

DNAStringSet object of length 3:
width seq
[1] 6 GCTGTC
[2] 7 GTAACGT
[3] 7 ACGTGTA

如何在R中连接每个样本的两个DNAStringSet序列？

3 个答案: