在`Bioconductor中的DNAStringSet对象中为不同的字符串/序列应用单独的`mask`

时间:2014-08-26 04:27:53

标签: r bioinformatics bioconductor

如何在masks的{​​{1}}对象中为不同的字符串/序列应用单独的DNAStringSet

Bioconductor等掩码可以应用于整个m1

DNAStringSet

我想使用掩码m1 <- Mask(mask.width=nchar(d), start=c(1,17), end=c(3,20)) m1中的第一个DNAstring,另一个掩码DNAStringSet到第二个m2,依此类推,直到掩码{{ 1}}到nth DNAstring

现在我使用循环首先提取mn,应用DNAString,然后应用硬掩码,最后添加到新DNAstring

如果不使用mask并丢失信息,是否有更简单的方法。

类似于多个对齐对象(如DNAstringset)的情况,我也想对不同的字符串/序列使用单独的injectHardMask

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