生成一个随机网络作为与gephi进行小义务比较的参考

时间:2016-04-16 10:06:54

标签: r graph graph-theory gephi

我试图确定我的有向图G是否是一个“小世界”。该图是根据我的数据集创建的,该数据集由500个节点组成,但只有60个节点有边(总共150个边)。我相信这样做我需要将聚类系数和平均路径长度与随机图R进行比较。相同数量的节点和边缘。

Q1:Gephi有一个嵌入式"生成随机图"能力 - 它使用的算法是什么?

Q2:我应该生成一个包含60个节点和150个边,或500个节点和150个边的图R吗?

问题3:我发现小世界测试的定义之间存在细微差别。我使用的是取自Humphries,M。D.和K. Gurney(2008)。 "网络'小世界':用于确定规范网络等效性的定量方法。" PloS one 3(4):e0002051。 "如果Lg≥Lr和CgCr"则网络G被称为小世界网络。 (L是平均路径长度,C是全局聚类系数)。关于这个定义的任何见解?

提前感谢您的帮助!

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

这个paper可以更好地洞察经验测试图表是否是一个小世界。实际上,您必须创建一个随机图来测试您的图形。

Q1:code Gnp可以看出,Gnm发生器基于Batagelj,Brandes,高效生成的大型随机网络,Sunbelt CONF。社交网络,2004年,可用here

Q2:定义CC的方式考虑了三角形连接的三元组的数量。这个概念会自动丢弃所有孤立的节点(除非你通过对节点数进行平均来计算平均聚类系数。这不是你想要的。

最重要的是,在您的案例中选择哪个图表不应该有任何区别

问题3:检查我的答案简介中的文章,以获得更直观的定义并检查