小型网络在大型网络上的超级位置

Question

我正在研究PPI网络，对于网络图，我正在使用Gephi和rgexf包。在我的网络中有9453没有。顶点和36888连接。所以，当在gephi上绘制网络时我们无法分析任何东西，所以我只绘制了前50个节点的网络。现在我想突出显示前100个节点网络上的50个节点的网络。这里顶部表示具有最高程度的节点。那有什么办法吗？

这是前50个节点的图，有一个节点未连接到top50中的任何节点：

我几天都在苦苦挣扎。

Answer 1

更新 - 我更新了说明

好的，这不是完全无足轻重的，也不是直截了当的。我创建了一个包含500个节点的随机网络，向您展示一个示例。

1. 使用Gephi加载网络后，至少需要从统计信息中运行平均度。
2. 然后转到过滤器部分，选择属性＆gt;范围＆gt;度数，双击并按过滤器按钮（ 注意：在您的情况下，您应该看到学位，但其余的仍然适用）
3. 将滑块向右移动，以便在上下文面板中剩余节点数达到〜 50

以下是它的寻找方式



<强> COLORING：

按住“过滤器”按钮时，可以为过滤后的节点应用不同的颜色。在我的情况下，我进入排名＆gt;节点选择了 InDegree 并应用了绿色。请注意，您还可以选择 Degree 以获得所需的效果。相应的面板如下所示：

这仅为过滤后的节点着色。或者，您可以应用节点刷，但它变得有点沉闷:)。有第三种选择，但我把它留作练习:)。

最终图表对我来说就像是这样。



以编程方式，您可以在igraph中执行类似操作。您可以选择前50个不同的节点，为它们分配颜色，为其他颜色分配不同的颜色并导出到GraphML。

我希望它有所帮助。

Answer 2

您可以做的是将网络导入到gephi ASIS并计算度中心度，这将生成一个变量，其中包含图中每个顶点的度数。之后，您可以使用过滤工具（如本演示文稿http://www.clementlevallois.net/gephi/tuto/en/gephi_advanced%20functions_en.pdf中所示）来限制使用度数变量的顶点数量。这是简单的方法。

或者，您可以使用igraph或sna个包来计算每个节点的学位，并在write.gexf函数中包含诸如网络的属性。