利用R中的均匀Thomas过程找到成人与幼鱼之间关联(对相关)的模拟包络的方法

时间:2016-03-13 05:47:09

标签: r spatstat

我标记了包含的ppp对象(shp); x坐标,y坐标,成长("成人","青少年","树苗")。

我使用齐次泊松过程在成人和青少年之间找到了关联(使用对相关函数)的模拟包络。

aj1<-envelope(shp,pcfcross,nsim = 199,i = "adult", j = "juvenile",savefuns=TRUE) 

现在我想使用同类Thomas过程找到相同的东西。因此,我使用

将均匀的Thomas过程拟合到点模式对象
fit1 <- kppm(shp ~1, "Thomas",method ="palm").

然后我尝试使用

找到模拟信封
aj2<-envelope(fit1,pcfcross,nsim = 199,i = "adult", j = "juvenile",savefuns=TRUE) 

但是这没用。如果有人有任何建议或任何替代方法,使用同质托马斯过程找到成人和青少年之间关联的模拟包络(使用配对关联功能),我将非常感激。

3 个答案:

答案 0 :(得分:0)

来自Spatial Lecture Note,以下示例是有用的

require('spatstat')
data("redwood")
X <- redwood
plot(X)
plot(envelope(X))
fit <- kppm(X, ~1, "Thomas")
plot(fit)
plot(envelope(fit))

Example of Thomas envelope

答案 1 :(得分:0)

不幸的是,我认为没有任何通用软件可以估算多种Poisson群集模型。我们希望在不太遥远的未来({实际上从现在起数月内)将此类功能添加到spatstat。我知道有些人已经为此工作过,你可能会问他们代码。我认为这篇论文

  

Jalilian,A.,Guan,Y.,Mateu,J。和Waagepetersen,R。(2014)   多变量产品 - 噪声Cox模型,Biometrics,71,1022-1033。

可能对您非常重要,您可以询问作者是否有任何可以使用的代码。

答案 2 :(得分:0)

目前kppm无法处理标记点模式。当您尝试拟合模型kppm(shp ~ 1, "Thomas", method="palm")时,您会收到有关“无法处理标记点模式”的错误消息。

此功能将于2016年的某个时间添加到spatstat