我是统计学的新手,需要帮助......我有两张来自同一研究的OTU表,它们具有不同长度的OTU列:
一个用于Bateria(1500+ OTU)
otu G1 G2 G3 G4 G5 G6 G7 G8 G9 G10 G11 G12 G13
Otu001 526 708 1094 368 828 0 0 0 202 1713 1062 481 0
Otu002 181 51 47 575 769 7 0 24 75 64 47 293 316
Otu003 355 245 254 191 1 0 186 0 179 87 25 60 23
Otu004 434 251 114 202 0 0 0 0 0 5 10 5 0
Otu005 100 57 324 469 818 0 0 0 30 94 59 314 144
Otu006 4 1 1 868 481 4 155 0 0 0 6 19 2
Otu007 1 2 5 2 7 0 0 0 0 8 5 0 0
Otu008 215 3 32 42 0 1 71 0 1233 24 8 115 9
Otu009 109 129 92 113 0 0 0 0 7 9 25 0 2
Otu010 160 1 0 0 0 0 0 0 106 0 0 24 31
和一个真核生物(250+ OTU)
otu G1 G2 G3 G4 G5 G6 G7 G8 G9 G10 G11 G12 G13
Otu0001 2903 498 1625 16 0 4 0 0 5305 9614 4003 22 3
Otu0002 417 292 303 353 1843 3731 1906 3070 10 20 7 467 59
Otu0003 0 0 1 0 27 1 182 59 0 18 27 874 4379
Otu0004 156 131 160 203 977 2372 1093 1166 1 7 6 369 74
Otu0005 181 56 118 319 510 1805 517 717 7 23 6 212 37
Otu0006 72 18 138 134 118 181 44 39 23 54 20 869 19
Otu0007 79 15 1015 24 0 0 14 0 113 513 509 4 9
Otu0008 342 51 897 659 393 0 294 27 132 353 139 296 196
Otu0009 75 48 45 100 229 624 353 463 1 5 3 106 18
Otu0010 34 31 17 27 190 336 410 358 2 1 4 178 14
如何估算这两个矩阵的OTU之间的相关性?
我找到了一个解决方案,但我不知道如何解释结果。这是R代码:
library(psych)
#take a top 100 OTUs from each table
data_V23<-read.table("BV23_100otu.txt",header=TRUE,sep="\t")
data_E3<-read.table("E3_100otu.txt",header=TRUE,sep="\t")
corr.test(t(data_V23), t(data_E3), use = "pairwise",method="pearson",adjust="holm", alpha=.05,ci=TRUE)
这是结果的一部分:
Otu001 Otu002 Otu003 Otu004 Otu005 Otu006 Otu007 Otu008 Otu009 Otu010 Otu011 Otu012 Otu013 Otu014 Otu015 Otu016 Otu017 Otu018 Otu019
Otu0001 0.67 -0.31 0.12 -0.05 -0.27 -0.30 0.52 0.36 -0.08 0.24 0.18 -0.38 0.37 0.56 -0.19 0.01 0.44 -0.05 0.05
Otu0002 -0.50 -0.10 -0.44 -0.30 -0.09 0.01 -0.28 -0.27 -0.40 -0.30 -0.40 0.18 -0.44 -0.37 0.22 -0.25 -0.43 -0.34 -0.30
Otu0003 -0.32 0.18 -0.29 -0.22 -0.03 -0.16 -0.29 -0.12 -0.26 0.03 -0.26 0.29 -0.27 -0.15 -0.06 -0.19 -0.22 -0.20 -0.20
Otu0004 -0.49 -0.09 -0.44 -0.32 -0.07 0.02 -0.28 -0.26 -0.41 -0.31 -0.41 0.26 -0.44 -0.36 0.25 -0.26 -0.42 -0.33 -0.32
Otu0005 -0.47 -0.09 -0.39 -0.22 -0.09 0.05 -0.29 -0.24 -0.31 -0.25 -0.31 0.15 -0.34 -0.33 0.10 -0.18 -0.32 -0.19 -0.29
Otu0006 -0.03 0.20 -0.16 -0.14 0.27 -0.01 -0.20 -0.08 -0.18 -0.05 -0.14 0.48 -0.14 -0.23 -0.12 -0.06 -0.21 0.01 -0.22
Otu0007 0.70 -0.32 0.21 -0.03 0.01 -0.25 0.60 -0.08 0.20 -0.17 0.54 -0.34 0.79 0.15 -0.16 0.44 0.30 0.09 -0.02
Otu0008 0.40 0.36 0.43 0.25 0.57 0.46 0.42 -0.15 0.42 -0.08 0.67 -0.08 0.75 -0.19 0.00 0.66 0.12 0.61 -0.15
Otu0009 -0.55 -0.15 -0.40 -0.28 -0.15 0.02 -0.36 -0.27 -0.38 -0.30 -0.39 0.27 -0.44 -0.38 0.29 -0.24 -0.41 -0.29 -0.31
Otu0010 -0.56 -0.14 -0.37 -0.38 -0.14 -0.01 -0.39 -0.25 -0.50 -0.32 -0.49 0.55 -0.54 -0.39 0.56 -0.33 -0.48 -0.40 -0.36