如何在ape（r）中使用分类向量进行系统发育独立对比

Question

我一直在使用R中的ape包对猫系统发育的几个生态变量进行系统发育独立的对比，我想知道如何使用分类值来完成。

以下是使用数值的方法：

# Load ape
library(ape)

# Simulate data
set.seed(23)
phy <- rcoal(10)
x <- runif(10, 0, 10)
y <- x + rnorm(10)

# Compute correlation of independent contrasts
cor.test(pic(y, phy), pic(x, phy))

如何与离散数据进行独立对比？

Answer 1

独立对比仅适用于连续数据。为了测试离散变量之间的相关性，同时考虑到系统发育的非独立性，有两种可能的途径。

1. 您可以使用phylogenetic logistic regression，因为已实施phyloglm包。

2. 您可以使用continuous time Markov models来测试一对离散特征之间的相关进化。这些模型是在独立软件BayesTraits中实现的，或者您可以按照这个优秀的blog post来演示如何使用phytools包实现测试。

我应该提到围绕这些马尔可夫模型处理系统发育假复制的能力（参见this paper）引起的担忧，使我倾向于GLM框架。