我正在尝试指定我的祖先状态重建分析中使用的颜色,以便我可以在其他图形中使用相同的颜色相同的数据。但是,当我使用来自猿的nodelabels
时,我指定的颜色与显示的内容不对齐。有人知道为什么吗?以及如何解决它?请参阅下面的问题示例:
rm(list = ls())
library(phytools)
library(ape)
library(RColorBrewer)
set.seed(1237)
tree = rtree(50)
plot(tree)
variable = rTraitDisc(tree, k = 5)
names(variable) = tree$tip.label
cols = data.frame(type = levels(variable),
color = I(brewer.pal(nlevels(variable), name = 'Set1')))
cols_vector = cols$color
names(cols_vector) = cols$type
fit = ace(x = variable, phy = tree, type = 'discrete')
nodelabels(node=1:tree$Nnode+Ntip(tree),
pie=fit$lik.anc, piecol=cols_vector)
tiplabels(pie=to.matrix(variable,sort(unique(variable))),piecol=cols_vector)
tiplabels(text = variable)
给出了图像:
大多数颜色排列正常,但E显示为紫色,但代码为#FF7F00(橙色)。这段代码就是一个例子:
t = table(variable)
barplot(t, col = cols_vector[match(names(t), names(cols_vector))])
任何建议都将受到赞赏。
答案 0 :(得分:1)
问题出在命令to.matrix(variable,sort(unique(variable)))
中。给定种子,没有提示具有值D,因此如果构造具有表示唯一值的列的矩阵,则仅使用调色板中的前四种颜色。
head(to.matrix(variable,sort(unique(variable))))
A B C E
t47 1 0 0 0
t14 1 0 0 0
t2 1 0 0 0
t19 1 0 0 0
t29 1 0 0 0
t5 1 0 0 0
用所有可能的特征值的向量替换seq =
参数应解决不匹配颜色的问题。
tiplabels(pie = to.matrix(x = variable, seq = LETTERS[1:5]), piecol = cols_vector)