Question

每次尝试执行pdf（）函数然后尝试将其打开时，我都会收到pdf错误。这是我正在使用的代码

tree = read.nexus("phylo.1966")
tree3<-read.csv("BBS1966.2015.pgls.csv",row.names = 1)
tree3<-setNames(tree3[,1],rownames(Nesting))
cols<-setNames(palette()[1:6],levels(Nesting))
Nesttree<-make.simmap(drop.tip(tree2, setdiff(tree2$tip.label,names(Nesting))),Nesting, model = "SYM"
plotTree(Nesttree,cols,type="fan",fsize=0.8,lwd=3,ftype="i")
add.simmap.ledgend(colors=cols,x=0.9*par()$usr[1],y=0.9*par()$usr[4],prompt=FALSE,fsize=0.9)
pdf("Nesting1.pdf", width = 100, height = 100)
dev.off()

但是，如果我将pdf函数放置在plotTree函数之前，它将打开但没有颜色添加到树中。 tree2来自先前使用的代码，该代码只接受了我原来的树，并添加了亚种以创建一棵新树。

此外，如果我尝试将图块手动保存为jpeg，树的大小将保持不变，但是图块区域将更改为我选择的大小，因此它看起来很小而且非常拥挤。

感谢您的帮助。 This is the image I produce after using the corrected code

Answer 1

正如我评论的那样，如果图像拥挤，您可以手动调整图像的宽度和高度。您可以使用任何设备代替jpeg（例如PDF）来生成pdf，但是无需设置高度或宽度。

jpeg("filename.jpeg", height = 1080, width =1080)
plotTree(Nesttree,cols,type="fan",fsize=0.8,lwd=3,ftype="i")
add.simmap.legend(colors=cols,x=0.9*par()$usr[1],y=0.9*par()$usr[4],prompt=FALSE,fsize=0.9)
dev.off()

无法使用颜色将系统发育树保存为pdf

1 个答案: