Question

我无法找到有关如何在Windows XP上为Sweave文档设置批处理文件的明确文档。

我正在使用找到here

的批处理文件

我创建了一个批处理文件名run.bat，其中包含以下内容：

Sweave myFile.Rnw

我在设置wd后在Sweave文件中做的第一件事是使用RODBC包在数据集中读取：

library(RODBC)
fetch <- odbcConnect("myDatabase")
myData <- "select * from myTable"
x <- sqlQuery(fetch, myData)
odbcCloseAll()

运行批处理文件时，收到以下错误：

Error: chunk 2
Error in library(RODBC) : there is no package called RODBC
In addition: Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, :
    there is no package called 'xtable'

显然这些软件包确实存在且功能正常，但是权限中的某些内容不正确，或者找不到正确的目录。有什么想法吗？

相关问题here

Answer 1

在R（在GUI中）中键入它时会返回什么？

 .libPaths()

在Rnw文件中运行时会显示什么？

help(Startup)中的文档会就您在何处设置R_LIBS及其变体提出一些建议。

Answer 2

我发现了我的问题的直接解决方案，但我知道这种方法存在某些局限性。我放弃使用CRAN提供的.bat文件来动态查找到R的适当路径，并将路径硬编码为R：

"C:\Program Files\R\R-2.11.0\bin\Rterm.exe" --vanilla <%run.r>%run.r
 del *.log
 del *.aux

此.bat文件将启动R，运行包含两个命令的脚本run.r：

Sweave("myFile.Rnw")
tools::texi2dvi("myFile.tex", pdf=TRUE)

然后清除LaTeX输出中的中间.log和.aux文件。显然，大部分工作都在myFile.Rnw完成，但这至少让我点击一个按钮，执行我的分析，并生成PDF文件。

如果有人能想出一种方法来提高效率，我会很感激。

Windows批处理R Sweave错误加载包

2 个答案: